Ésta es una lista de los episodios del anime D.Gray-man, que terminaron de emitirse el 30 de setiembre del 2008. Dicha lista se encuentra dividida en distintas temporadas, de acuerdo con la organización de la serie y con las fechas de publicación de cada uno de los DVDs correspondientes. Existen varios episodios que no se corresponden con sucesos acontecidos en la historia original de Katsura Hoshino, que fueron producidos y emitidos para dar tiempo al autor del manga a avanzar sin que se sobrepase con el anime. Fue dirigida por Osamu Nabeshima.
Temporada 1: Los Nuevos Exorcistas (2006 - 2007)[]
- waka wak
- La Congregación de las sombras
- El fantasma de Matera
- El anciano y el aria de la noche solitaria
- Cántame una canción de cuna
- La cita con el infortunio
- El cementerio de los recuerdos
- La destrucción de la sede de la Congregación
- La ciudad sumida en un bucle
- La inocencia de una mujer desgraciada
- Los sentimientos de Miranda Lotto
- Cae nieve sobre la ciudad
- El uniforme
- Las hojas de la resurrección
- Más allá de la ventisca
- El espadachín milenario
- El orgullo de los espadachines
- El amor de Lenalee
- El vampiro del viejo castillo
- ¡Adelante, exorcistas!
- ¡Krory al ataque!
- La verdad sobre Eliade
- El vampiro al que amé
- La partida de Krory
- Las cadenas del general
- El principio del fin
- El General Cross, mi maestro
- Exorcista Krory
- El vendedor de almas (Parte 1)
- El vendedor de almas (Parte 2)
- Miranda perdida
- El misterioso barco fantasma
- El pueblo donde vive la bruja (Parte 1)
- El pueblo donde vive la bruja (Parte 2)
- El exorcista que posee el viento
- La cortina oscura
- La campana de la caridad
- Froi Tiedoll
- Ataúdes en silencio
- Las rosas del eterno reposo
- Un nuevo asesino
- Las trampas del gato negro
- La estatua ambulante
- La sirvienta con el abanico de acero
- Una bizarra mansión
- EL fantasma de las nieves
- La chica de cristal
- Una huésped inestable
- La campana de la señorita Lulu Bell
- Serios sentimientos
- Partamos al este
Temporada 2[]
- Invasión
- Caído
- Comienza el final de la noche
- Aullido
- Suprimir
- Perdida y reencuentro
- Cuartel general asiático
- El camino de mi promesa
- Título
- Hundimiento en la oscuridad
- El santo que cayó en la oscuridad
- La chica del barco que no regresó
- Mensaje
- Desembarco
- Perturbación e impaciencia
- A Edo
- Silencio
- Viejo amigo
- El payaso de dios
- El nombre indicado
- Batalla decisiva
- La entrada de Kanda
- La aniquilación de Edo
- Payaso y augusto
- La llave y la puerta de los Noé
- La habitación de Skin Bolic
- Tres ilusiones tabú
- Memoria de Noé
- La trampa de los gemelos
- Crisis de deudas
- Mal juego
- Jasdevi entra
- Krory sangriento
- Rapsodia oscura
- Una persona débil
- Punto crítico
- Lavi
- La voz en la oscuridad
- Carnaval negro
- Sentencia
- La sombra del músico
- Melodía
- Regreso a casa
- La oveja y el perro
- Aún las manos del tiempo avanzan
- El cuartel general bajo ataque
- La Fuerza de los generales
- La Noe de la lujuria
- Nivel 4
- Para Dios, a quien tanto odio
- La palabra prometida
- Resonante a través de la persistente mañana